Det andra kriget mot cylonrobotarna är förlorat och De Tolv Kolonierna har blivit förstörda. Nu försöker kommendör Adama på Battlestar Galactica och president Laura Roslin leda en liten flotta överlevande till den mytomspunna trettonde kolonin, Jorden. Men farorna de möter är otaliga.
Cylonrobotarna jagar och attackerar dem och dessutom är de drabbade av interna politiska konflikter. Men mitt i de svåra prövningarna börjar det dyka upp tecken som visar att det kan finnas mer sanning bakom kommendör Adamas löften om Jorden än vad någon kunde tro.

The first season is a follow-up to the miniseries which first aired in December 2003.